遗传学数据库与生物信息学工具 — 生物填空题

某课题组获得一段与拟南芥抗旱相关的候选cDNA序列，拟开展系统的生物信息学分析。第一步，为判断该序列是否编码蛋白，应使用在线工具对____（填写：核酸或蛋白）序列进行开放阅读框预测；第二步，为预测其编码蛋白的功能结构域，应将该蛋白序列提交至____数据库进行保守结构域搜索；第三步，若已知多个物种中同源蛋白的序列，构建系统发生树推断进化关系时，最常用的建树算法之一是____法（写一种即可）。